Profil naukowo-badawczy Katedry Mikrobiologii i Mykologii jest bardzo szeroki i zróżnicowany. Obejmuje on kilka realizowanych aktualnie nurtów badawczych:

- Biotechnologia mikroorganizmów

Badaniami biotechnologicznymi w Katedrze Mikrobiologii i Mykologii kieruje dr hab. inż. Justyna Możejko-Ciesielska, prof. UWM. Prace badawcze prowadzone przez Zespół są związane z grupą bakteryjnych polimerów – polihydroksyalkanianów (PHA). Te przyjazne dla środowiska polimery mają interesujące właściwości podobne do polimerów syntetycznych, dlatego też są uważane za obiecujące substytuty konwencjonalnych tworzyw sztucznych. Zespół skupia się na: poszukiwaniu mikroorganizmów wykazujących zdolność efektywnej syntezy innowacyjnych PHA, optymalizacji procesów technologicznych w kierunku ich produkcji, określeniu ich aplikacyjności poprzez charakterystykę fizykochemiczną i biologiczną. Jednym z najważniejszych obszarów tematycznych podejmowanych przez Zespół jest zrozumienie molekularnych mechanizmów związanych z syntezą PHA poprzez prowadzenie badań interdyscyplinarnych obejmujących zarówno etap projektowania procesu syntezy tych biomolekuł jak również analizy molekularne z wykorzystaniem narzędzi transkryptomicznych i proteomicznych.

- Hydromikrobiologia organizmów prokariotycznych

Hydroekologiczne uwarunkowania bakterioplanktonu jeziorowego oraz ocena wpływu parametrów środowiskowych na kształtowanie składu i aktywności zbiorowisk mikroorganizmów, zarówno w naturalnych ekosystemach wodno-torfowiskowych jak i poddawanych silnej antropopresji, stanowią podstawowe zainteresowania badawcze dr hab. Sylwii Lew, prof. UWM. Tematyka badawcza zespołu dotyczy również kształtowania zespołów mikroorganizmów w ekosystemach rekultywowanych po wyłączeniu z eksploatacji odpadów niebezpiecznych w tym mogilników pestycydowych. Doświadczenie naukowe obejmuje nie tylko badania hydromikrobiologiczne związane z obserwacją struktury i funkcji bakterioplanktonu ekosystemów jeziorowych o zróżnicowanej trofii, ale również ekosystemów określanych jako ekstremalne, które mają ogromne znaczenia dla człowieka i środowiska. Dorobek naukowy zespołu wpisuje się doskonale w strategie ochrony bioróżnorodności ekosystemów torfowiskowych, nie tylko w Polsce ale i w całej Europie. Dodatkowo, najnowsze badania, obejmują analizy czasowo-przestrzennej zależności pomiędzy metanogenami i metanotrofami w ekosystemach mokradłowych. Ocena związku pomiędzy aktywnością mikrobiologiczną a emisją dwutlenku węgla i metanu ma duże znaczenie w kontekście globalnych zmian klimatycznych. Działalność naukowa zespołu zajmującego się ekosystemami torfowiskowymi i ekotonowymi,  stanowi istotny punkt odniesienia umożliwiający obserwowanie wpływu zmian środowiskowych, wywołanych działalnością człowieka, na organizmy żywe.

- Badania hydromykologiczne w aspekcie sanitarno-epidemiologicznym

 Badaniami z zakresu hydromykologii kieruje dr hab. Anna Biedunkiewicz. Obejmują one analizę ilościową i jakościową oraz ekofizjologię mikrogrzybów w różnych ekosystemach wodnych, naturalnych i antropogenicznie przekształconych. Analizy prowadzone są pod kątem oceny sanitarno-epidemiologicznej wód różnego typu, w tym zbiorników słodkowodnych i o nieznacznym zasoleniu a także wód wodociągowych i butelkowanych różnego typu, włącznie z wodami leczniczymi. Mając na uwadze, że woda występuje w trzech stanach skupienia, badania hydromykologiczne obejmują również analizy mykologiczne pokrywy śnieżnej i nawisów lodowych a także pary wodnej zawilgoconych pomieszczeń. Odnotowywane mikrogrzyby są analizowane pod kątem potencjalnej chorobotwórczości i ewentualnego wpływu na zdrowie człowieka. Dodatkowo badania obejmują także zwierzęta bezkręgowe i kręgowe związane ze środowiskiem wodnym, jako potencjalne wektory, a więc ogniwa łańcucha epidemiologicznego grzybic. Analizy są ukierunkowane na monitoring ekosystemów wodnych ze zwróceniem uwagi na obecność mikrogrzybów o właściwościach bioindykacyjnych i chorobotwórczych dla człowieka.

- Lichenologia środowiskowa

Badaniami lichenologicznymi w Katedrze kieruje dr hab. Dariusz Kubiak, prof UWM. Obejmują one jakościową i ilościową ocenę występowania porostów w ekosystemach naturalnych i antropogenicznie przekształconych, wpływ czynników ekologicznych oraz antropogenicznych przekształceń środowiska na różnorodność porostów epifitycznych, udział i rolę diagnostyczną porostów w zbiorowiskach leśnych, wykorzystanie porostów w bioindykacji zanieczyszczeń i przekształceń środowiska, problematykę zagrożenia i ochrony porostów oraz grzybów wielkoowocnikowych na obszarze Warmii i Mazur. Metody prowadzonych badań obejmują prace terenowe (środowiskowe), laboratoryjne (obserwacje mikro- i makroskopowe, analizy biochemiczne - TLC) oraz kameralne (prowadzenie baz danych, dokumentacja zbiorów zielnikowych, wymiana naukowa materiałów). Badania prowadzimy we współpracy z naukowcami z kraju i z zagranicy. Jesteśmy otwarci na wszelkie propozycje współpracy oraz rozwijanie nowych kierunków badawczych w zakresie szeroko rozumianej lichenologii.