W marcu 1977 r. w strukturze Instytutu Biologii, Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego Wyższej Szkoły Pedagogicznej w  Olsztynie powstał Zakład Ekologii i Ochrony Środowiska. Jego organizatorem pierwszym kierownikiem był ówczesny doc. dr hab. Włodzimierz Jezierski, wcześniej pracownik naukowy Instytutu Ekologii PAN, specjalizujący się w badaniach nad ekologią ssaków łownych, głównie dzika i zająca. Prof. W. Jezierski pełnił funkcję kierownika Zakładu do czasu przejścia na emeryturę w roku 1998, zmarł w roku 2012. Po czym funkcję tę przejął prof. dr hab. Eugeniusz Biesiadka. Od stycznia 2015 roku kierownictwo Katedry objął dr hab. Jacek Józef Nowakowski, prof. UWM. W roku 1999 Katedra w pełnym składzie osobowym przeszła do Wydziału Biologii nowo utworzonego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego.

W ponad czterdziestoletniej historii Katedry precyzowała się jej problematyka badawcza, zmieniała się też jej struktura kadrowa. W początkowym okresie działalności problematyka badawcza Katedry dotyczyła wyłącznie ekologii ssaków łownych. Stopniowo wzbogacała się o zagadnienia hydrobiologiczne, które z czasem stały się głównym kierunkiem badawczym, gromadzącym wokół siebie najwięcej nauczycieli akademickich. Kolejnym kierunkiem, który pojawił się w problematyce naukowej Katedry i stale się rozwija jest ekologia ptaków. Badania naukowe realizowane w Katedrze mają też silny związek z szeroko rozumianą ochroną przyrody.

Dorobek naukowy Katedry obejmuje ponad 1000 publikacji oryginalnych.

Obecnie w Katedrze Ekologii i Ochrony Środowiska jest zatrudnionych 6 nauczycieli akademickich i dwóch pracowników technicznych, ale w całej ponad czterdziestoletniej historii w Katedrze pracowało 20 nauczycieli akademickich i czterech pracowników technicznych.

Spośród pracowników, którzy dawniej związani byli z Katedrą, oprócz Prof. Włodzimierza Jezierskiego – jej długoletniego kierownika, należy wspomnieć jeszcze dwie, bardzo wyraziste osobowości.

Dr Władysław Sempioł pracował w Katedrze Ekologii i Ochrony Środowiska od roku 1977 aż do przejścia na emeryturę w roku 1991, zmarł w roku 1993. Z wykształcenia geograf, specjalizował się w badaniach zmian antropogenicznych w sieci wód powierzchniowych Warmii i Mazur. Był wybitnym krajoznawcą, prawdziwą skarbnicą wiedzy o naszym regionie. W jego trwałym dorobku jest „Biogeografia” - opublikowany w roku 1986 podręcznik akademickich, jedno z nielicznych polskich opracowań w tym zakresie.

Prof. dr hab. Aleh Aleksandrowich w Katedrze pracował w latach 1998-2004. Znakomity entomolog pochodzenia białoruskiego, specjalizujący się w badaniach koleopterologicznych, zwłaszcza nad chrząszczami z rodziny Carabidae. Jego przejście do Olsztyna przyczyniło się do znacznego ożywienia regionalnych badań entomologicznych. Obecnie pracuje w Pomorskiej Akademii Pedagogicznej w Słupsku.