Analiza cytometryczna pozwala m.in. na fenotypowanie różnych populacji komórek, a także na badanie poziomu ekspresji antygenów powierzchniowych i wewnątrzkomórkowych (receptory, cytokiny, hormony), pomiar aktywności enzymów oraz badanie procesów apoptotycznych. Umożliwia również analizę potencjału membranowego, aktywności mitochondriów, pH wewnątrzkomórkowego, transportu jonów i płynności błony komórkowej. W pracowni znajdują się dwa cytometry przepływowe:

• BD FACSCelesta^TM (BD Biosciences) wyposażony w dwa lasery – niebieski i fioletowy;
• MoFlo XDP (Beckman Coulter) wyposażony w trzy lasery – niebieski, UV i czerwony. Dodatkowo, model MoFlo XDP posiada możliwość precyzyjnego sortowania komórek z prędkością do 70 tys./sekundę.