Baza naukowa i dydaktyczna

Baza naukowa i dydaktyczna Wydziału Biologii i Biotechnologii

 

Pracownie (sale) dydaktyczno-naukowe Wydziału Biologii i Biotechnologii UWM w Olsztynie mieszczą się w 5 obiektach na terenie miasteczka akademickiego w Kortowie.

Istotnym dla funkcjonowania Wydziału było oddanie do użytku i pełne zagospodarowanie nowego obiektu (budynku) Collegium Biologiae o łącznej powierzchni użytkowej 6088m2, z aulą wykładową na 280 miejsc, salami wykładowymi na 80, 50  i 25  miejsc, pracownią wyposażoną w 19stanowisk komputerowych, pracowniami naukowo-dydaktycznymi dla 5 katedr. Budynek Collegium Biologiae jest przystosowany dla studentów niepełnosprawnych (podjazdy dla wózków, winda, toalety). Bazę dydaktyczno-naukową Wydziału Biologii i Biotechnologii wg Katedr szczegółowo przedstawia tabela (plik PDF). Wszystkie sale wykładowe i pracownie dydaktyczne wyposażone są w zestawy komputerowe z dostępem do internetu i rzutniki multimedialne.

Łączna powierzchnia wykorzystywana przez kadrę i studentów Wydziału wynosi 9302 m2. Poza 6 salami ogólnowydziałowymi, w dydaktyce wykorzystywane są liczne sale ćwiczeń (26) i pracownie dydaktyczno-naukowe (54) zlokalizowane w Katedrach. Do celów naukowych i dydaktycznych służy także nowoczesna szklarnia z automatycznym sterowaniem klimatu, o powierzchni 360 m2,w której znajduje się 1 sala dydaktyczna. Należy dodać, że Wydział Biologii Biotechnologii korzysta z wielu obiektów ogólnouczelnianych oraz pomieszczeń na innych Wydziałach, którym zlecane są badania naukowe i zajęcia dydaktyczne np.: Wydział Kształtowania Środowiska i Rolnictwa, Wydziału Bioinżynierii, Wydział Nauki o Żywności, Wydział Humanistyczny i Wydział Matematyki i Informatyki.

W 2010 roku do celów naukowych i dydaktycznych został uruchomiony Ośrodek Naukowo-Dydaktyczny – Laboratorium Diagnostyki Molekularnej, w którym znajdują się specjalistyczne pracownie wyposażone w najnowocześniejszą aparaturę. Są to:

 

1. Pracownia analizy kwasów nukleinowych

Termocyklery do analizy Real-Time PCR – pozwalają na przeprowadzanie reakcji PCR z analizą przyrostu ilości produktu w czasie rzeczywistym, która stosowana jest do pomiaru ilościowego kopii genu, transgenu czy genomów wirusowych i bakteryjnych lub poziomu ekspresji RNA w komórkach i tkankach.

Termocyklery do reakcji na szklanych płytkach – umożliwiają wykonywanie reakcji PCR z niewielkiej ilości materiału genetycznego; całkowita objętość reakcji to zaledwie 1 mikrolitr.

Termocyklery z gradientem – służą do przeprowadzania standardowych reakcji PCR oraz reakcji w gradiencie temperatur.

Sekwenator – służy do określania sekwencji nukleotydów wybranych odcinków DNA o długości do 1000 pz, genotypowania za pomocą markerów mikrosatelitarnych oraz analiz AFLP i innych.

Bioanalizator – wykorzystuje technikę mikroprzepływów do analizy ilościowej oraz jakościowej DNA, RNA i białek, jest alternatywą dla elektroforezy żelowej. Dziedziną w której bioanalizator znajduje szczególne zastosowanie jest analiza jakości oraz czystości DNA i RNA, niezbędna przy badaniu ekspresji genów za pomocą mikromacierzy.

Skaner do analizy mikromacierzy – posiada system otwartego skanowania umożliwiający analizę szerokiego wachlarza dostępnych na rynku mikromacierzy. Bardzo wysoka rozdzielczość (2 mikrometry) pozwala na  skanowanie macierzy o gęstości do 1 miliona prób.

Systemy do elektroforezy agarozowej, archiwizacji żeli i membran – zestaw różnej wielkości aparatów do elektroforezy agarozowej pozwala na rozdziały kwasów nukleinowych w systemie pionowym lub poziomym. System do archiwizacji żeli i membran wyposażony w kamerę CCD oraz specjalistyczne oprogramowanie służy do jakościowej analizy żeli i analizy ilościowej metodą densytometryczną.

Wielodetekcyjny czytnik mikropłytek z funkcją absorbancji, fluorescencji i luminescencji. Umożliwia odczyt w standardowych płytkach titracyjnych (6-384 dołków), kuwetach oraz płytce kwarcowej NanoQuant (16 jednoczesnych pomiarów stężenia DNA, RNA z małych objętości prób). Zintegrowane z urządzeniem: inkubator (5-42°C), wytrząsarka, dwa dyspensery oraz płuczka pozwalają na przeprowadzanie złożonych analiz obejmujących np. badania kinetyczne.

 

2. Pracownia cytometrii przepływowej

Posiada urządzenie sortujące komórki z jednoczesną analizą cytometryczną, które służy do pomiaru właściwości fizycznych i fluorescencji komórek/cząstek przepływających w strumieniu cieczy. Funkcja sortowania komórek, poza gromadzeniem danych o przepływających komórkach (wielkość, obecność ziarnistości, sygnały fluorescencyjne), ma możliwość ich rozdzielania w wysokim stopniu czystości (>99%). W cytometrze można m.in. oceniać ekspresję antygenów powierzchniowych i wewnątrzkomórkowych (receptory, cytokiny, hormony), badać aktywność wielu enzymów (kinazy, kaspazy), proces apoptozy oraz cykl komórkowy oraz oceniać ekspresję genów lub mRNA dla różnych struktur komórkowych (technika FISH).

 

3. Pracownia analizy białek

Elektroforeza 2D – systemy do dwukierunkowego rozdziału białek w żelach poliakrylamidowych obejmują aparaty do izoelektroogniskowania białek oraz aparaty pozwalające na rozdzielenie białek pod względem mas cząsteczkowych. Pozwala to na porównanie profili białkowych komórek i tkanek, mogących wykazywać różnice w zależności od stadium rozwojowego lub w wyniku działania procesów technologicznych, czynników zewnętrznych, stanów chorobowych itp.

Dokumentacja – skaner optyczny umożliwia dokumentację żeli i membran barwionych metodami tradycyjnymi (Coomassie R-250, G-250, Silver Staining, Deep Purple, Sypro Ruby, etc.), natomiast urządzenie Ettan DIGE Imager pozwala na wizualizację i dokumentację żeli znakowanych pojedynczymi fluorochromami lub wykonanych w technice DIGE. Do urządzeń dołączone jest specjalistyczne oprogramowanie pozwalające na jakościową i wstępną ilościową analizę rozdzielonych białek.

Frakcjonator – urządzenie do frakcjonowania w gradientach stężeń pozwala na rozdzielenie różniących się wielkością makromolekuł, struktur komórkowych lub ich poszczególnych frakcji. Znajduje zastosowanie w analizie frakcji subkomórkowych, badaniach ekspresji białek, itp.

Zautomatyzowany system do proteomiki w żelach – automatyczna linia umożliwiająca wyizolowanie określonych białek z żelu, poddanie ich trawieniu enzymatycznemu oraz przygotowanie i naniesienie uzyskanej mieszaniny peptydów na płytki matrycowe. Linia ta jest zintegrowana z instrumentem do spektrometrii mas typu MALDI – TOF/TOF.

Spektrometr masowy – system spektrometrii mas obejmuje spektrometr masowy z jonizacją typu MALDI (jonizacja strumieniem lasera na płytce matrycowej) oraz tandemowym analizatorem czasu przelotu jonów (TOF/TOF). Wbudowany system bramkowania jonów oraz element refletronowy pozwalają na wykorzystanie urządzenia do analiz PMF (ang. peptide mass fingerprinting) i sekwencjonowania de novo, analiz modyfikacji potranslacyjnych i enzymatycznych białek czy struktury przeciwciał i ich modyfikacji. Spektrometr można także wykorzystać do badania substancji organicznych takich jak węglowodany, tłuszcze, fosfolipidy, alkaloidy, polimery, mykotoksyny, etc.

 

4. Pracownia mikroskopowa

Jeol JEM 1400 - transmisyjny mikroskop elektronowy o zdolności rozdzielczej 0,2 nm. Umożliwia uzyskiwanie powiększeń z zakresu od x200 do 1 200 000. Istnieje możliwość rozbudowy o przystawkę skaningową oraz system mikroanalizy roentgenowskiej EDS.

Mikroskopy fluorescencyjne  – posiadają pełen zestaw filtrów do fluorescencji oraz specjalne obiektywy z zupełnie nowej serii VC (Violet Correction), o znacznie wyższych parametrach optycznych w zakresie ultrafioletowym. Wyposażone w oprogramowanie do analiz cytogenetycznych. Fabrycznie przystosowane do dokumentacji cyfrowej.

Mikroskop odwrócony – mikroskop laboratoryjny, przeznaczony do obserwacji obiektów „od dołu”, wyposażony w układ optyczny taki sam jak w tradycyjnych mikroskopach. Umożliwia przyżyciową obserwację hodowanych komórek lub całych organizmów (np. pierwotniaków). Wyposażony w kamerę pozwalającą na archiwizację obserwowanych obrazów.

Mikroskop stereoskopowy (binokular) – pozwala na przestrzenne widzenie powiększonego obrazu. Widziany w nim obraz jest trójwymiarowy, dzięki czemu nadaje się do obserwacji poruszających się małych obiektów np. owadów. Posiada szeroki stół roboczy z oświetleniem górnym, dolnym oraz bocznym (światłowodowym).

Mikrodysekcja laserowa – umożliwia wycinanie fragmentów z preparatów mrożonych, parafinowych, pojedynczych komórek, fragmentów komórek, chromosomów, rozmazów itp. System CellCut przeznaczony jest do precyzyjnej mikrodysekcji oraz mikromanipulacji za pomocą wiązki lasera. System oparty jest na unikalnej i opatentowanej technologii CapLift gwarantującej możliwość pobrania materiału bez kontaminacji. Dzięki temu może on być wykorzystywany w takich dziedzinach jak biologia molekularna, cytogenetyka, patologia, mikrobiologia oraz biologia rozrodu

 

5. Pracownia zwierzęcych kultur in vitro

Komory laminarne z pionowym przepływem powietrza, II klasy bezpieczeństwa mikrobiologicznego Biohazard, przeznaczone są do ochrony zarówno materiału badawczego, jak i operatora oraz środowiska.

Inkubatory – wyposażone w system kontroli CO2 (0,2-20%) oraz O2 (1-95%). Wbudowany system autosterylizacji w wysokiej temperaturze.

 

6. Zwierzętarnia

Wyposażona w pomieszczenia z możliwością regulacji temperatury, wilgotności i oświetlenia. Nowoczesne regały ze stali nierdzewnej oraz klatki z poliwęglanu odpornego na sterylizację służą do pracy z małymi zwierzętami laboratoryjnymi (myszy, szczury, króliki).

 

7. Pracownia hodowli roślin i roślinnych kultur in vitro

Komory laminarne i regały do hodowli roślin w warunkach in vitro – komory laminarne umożliwiają bezpieczne założenie hodowli, natomiast wielokondygnacyjne regały wyposażone we własne wentylatory, lampy fluorescencyjne oraz tunele stabilizujące temperaturę pozwalają na prowadzenie długotrwałych hodowli.

Komory klimatyczne i inkubatory z chłodzeniem – inkubatory z chłodzeniem pozwalają na hodowlę niewielkich roślin w ustalonych warunkach temperatury, natomiast komory klimatyczne umożliwiają hodowlę roślin w ściśle ustalonych warunkach temperatury, wilgotności i natężenia światła. Oprogramowanie urządzeń pozwala na zaprogramowanie kilkunastu wieloetapowych programów, co ułatwia symulację zmiennych warunków zewnętrznych w czasie trwania hodowli.

 

8. Pracownia mikrobiologiczna

Umożliwia różnokierunkowe badania materiału mikrobiologicznego, m.in. transformacje lub transfekcje bakterii wektorami plazmidowymi oraz analizę uzyskanych transformantów metodami biologii molekularnej. Kompleksowe wyposażenie pracowni pozwala na wykonywanie wszystkich analiz bez konieczności opuszczania tej części laboratorium, co minimalizuje ryzyko przeniesienia materiału mikrobiologicznego do innych pomieszczeń.

 

9. Pracownia izotopowa

Pomieszczenia umożliwiające pracę ze źródłami promieniotwórczymi (H3, P32, S35).  Wyposażone w specjalistyczne dygestoria radiochemiczne, licznik scyntylacyjny, wywoływarkę zdjęć rentgenowskich, system dokumentacji żeli i membran znakowanych chemiluminescencyjnie, sprzęt dozymetryczny, pojemniki do przechowywania źródeł i odpadów promieniotwórczych oraz stałe i ruchome osłony przed promieniowaniem jonizującym.

 

10. Pracownia immunohistochemiczna

Pracownia wyposażona w aparaturę umożliwiającą przygotowanie skrawków tkanek i narządów (mikrotom, kriostat), ich prezerwację (zatapiarka i łaźnia parafinowa, łaźnie wodne) oraz inkubacje z przeciwciałami (specjalistyczne cieplarki i chłodziarki) oraz barwienie w celu przygotowania do analiz immunohistochemicznych /cytochemicznych.

 

 

Laboratorium Badań i Ochrony Bioróżnorodności

 Powstało w ramach Programu Operacyjnego Rozwój Polski Wschodniej pn. „Wyposażenie w sprzęt aparaturowy Centrum nutri-bio-chemicznego Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie”

 

1. Pracownia bioróżnorodności mikroorganizmów i roślin

a)   Stanowisko do prowadzenia hodowli i obserwacji bakterii i grzybów –wyposażonie: w zestaw aparatury do prowadzenia hodowli mikroorganizmów oraz system do rejestracji (K. Mikrobiologii i K. Mykologii)

b)   Stanowisko do hodowli roślin i badań na poziomie komórkowym i genomowym- wyposażenie: zestaw aparatury do badań DNA roślin oraz zestaw mikroskopów do obserwacji i rejestracji ultrastuktury roślin (Katedra Botaniki i Ochrony Przyrody)

 

2. Pracownia biochemii i fizjologii roślin i nasion

a)   Spektrometr masowy i aparat do HPLC (Lab. Diagnostyki Molekularnej)

b)   Zestaw do analizy procesów fizjologicznych roślin (Katedra Fizjologii, Genetyki i Biotechnologii Roślin)

c)    Zestaw aparatury uzupełniającej do analizy biochemicznej roślin i nasion (Katedra Biochemii)

 

3. Pracownia taksonomii i filogenezy zwierząt

a)   Stanowisko do wykonywania analiz histologicznych i chromosomowych zwierząt Katedra Zoologii)

b)   Stanowisko do badań mikroskopowych cech taksonomicznych zwierząt (Katedra Zoologii)

 

4. Pracownia fizjologii i ekologii zwierząt

a)   Stanowisko do badań procesów fizjologicznych zwierząt (Katedra Fizjologii Zwierząt)

b)   Stanowisko do badań zmienności gatunkowej zwierząt i ekologii zwierząt (Katedra Ekologii i Ochrony Środowiska)

 

Najcenniejsza naukowo aparatura w katedrach

 

Katedra Mikrobiologii

Pracownia mikrobiologiczna

  • kompletne wyposażenie umożliwiające prowadzenie klasycznych badań mikrobiologicznych;
  • urządzenia sterylizujące (autoklawy, sterylizatory suche),
  • inkubatory, w tym komora anaerobowa,
  • lodówki, zamrażarki, w tym zamrażarka -80 oC

 

Pracownia mikroskopowa

  • mikroskopy fluorescencyjne

 

Pracownia mikrobiologii molekularnej

  • wyposażenie klasyczne: termocyklery, aparaty do elekroforezy, czytniki UV

 

Katedra Mykologii

  •  urządzenie do fluorescencji i kontrastu Nomarskiego z możliwością cyfrowej rejestracji obrazu – zestaw na bazie mikroskopu Olympus BX 51.

 

Katedra Fizjologii, Genetyki i Biotechnologii Roślin

  • mikroskop elektronowy transmisyjny z wyposażeniem do przygotowania próbek (np. ultramikrotom)
  • mikroskop elektronowy skaningowy
  • mikroskop konfokalny
  • mikroskopy fluorescencyjne
  • mikroskopy stereoskopowe
  • chromatograf gazowy
  • kwadrupolowy spektrometr mas
  • zestaw do chromatografii HPLC
  • analizator aminokwasów
  • ÄKTA zestaw do oczyszczania białek
  • zestaw do elektroforezy 2-D
  • czytnik mikropłytek
  • komory klimatyczne
  • ultrazamrażarki
  • ultrawirówka
  • liofilizator
  • młyny kulowe
  • spektrofotometry
  • termocyklery
  • systemy dokumentacji żeli
  • Geneious – oprogramowanie do sekwencjonowania NGS

 

Katedra Biochemii

  • zestaw do izoelektroogniskowania (IEF) „Pierwszy Kierunek” EttanIPGphor 3 IEF Unit
  • zestaw do SDS PAGE „Drugi Kierunek” Ettan DALT six Unit
  • oprogramowanie przeznaczone do analizy żeli ImageMaster 2 D Platinum v.6.0
  • skaner do żeli ImageScanner
  • wirówka EppendorfCentrifuge 5810R
  • wirówka duża 5804R, Rotor A – 4-44, adaptery 3-15 ml
  • ultrazamrażarka SANYO ULTRA LOW (-70oC)
  • czytnik ELISA – ASYS UVM 340 Biogenet + SHAKER – TERMOSTAT Sky Line ELMI
  • termocyklerMastercyklerNexus Gradient EPPENDORF
  • komora do izolacji kwasów nukleinowych DNA/RNA UV – CLEANER      UVT – S- AR
  • inkubator – SANYO INCUBATOR MIR – 153 – 2 szt.
  • HPLC (aparat CTO-10 AS Shimadzu, aparat SIL-10AD VP Shimadzu
  • komora laminarna wyposażona w lampę UV (Holten Lamin Air)
  • knkubator CO2 (WTB Binder)
  • czytnik do mikropłytek (ASYS UVM 340)
  • aparat do elektroforezy z nakładką detekcyjną (Mupid ONE)

 

Katedra Anatomii Porównawczej

  • mikroskop fluorescencyjny BX51TF-5
  • mikroskop fluorescencyjny OLYMPUS BX51

 

Katedra Zoologii

1. Dwa zestawy mikroskopów fluorescencyjnych wraz z oprogramowaniem do badań cytogenetycznych (m.in. kariotypowania). Skład zestawu:

  • mikroskop Nikon Eclipse 90i
  • lampa fluorescencyjna Prior Lumen200
  • kamera monochromatyczna Jenoptik Progres MF cool
  • kamera kolorowa Nikon DS-Filc-U2
  • komputer PC HP Z400 Workstation z monitorem EIZO 22”
  • oprogramowanie analizy cytogenetycznej LUCIA Cytogenetics
  • oprogramowanie analizy obrazu Nikon NIS Elements BR

 

2. Mikroskop optyczny z kontrastem „Nomarski-DIC”:

  • mikroskop Eclipse 80i, kamera DSFi1-U2, oprogramowanie NIS-BR, stacja graficzna HP Pro 3010, monitor LCD 22”

 

3. Mikrotom rotacyjny Leica RM2265

 

 

Katedra Botaniki i Ochrony Przyrody

 

Stanowisko do hodowli roślin i badań na poziomie komórkowym i genomowym

  • zestaw do badań DNA roślin

 

Pracownia kultur tkankowych (hodowla in vitro ) (Kat. Botaniki i Ochrony Przyrody, pl. Łódzki 1, pok. 116)

  • Zestaw do elektroforezy kapilarnej kwasów nukleinowych
  • Termocykler gradientowy w systemie Peltier
  • Homogenizator kulkowy
  • Aparat do elektroforezy agarozowej
  • System komputerowy do analiz filogenetycznych z oprogramowaniem
  • Komora laminarna
  • Inkubator
  • Zestaw do prowadzenia hodowli roślinnych

 

Laboratorium naukowe (Kat. Botaniki i Ochrony Przyrody, pl. Łódzki 1, pok. 121)

  • Komora klimatyczna do kiełkowania roślin
  • Dygestorium
  • Suszarka laboratoryjna
  • Zestaw do prowadzenia obserwacji ultrastruktury roślin

 

Pracownia mikroskopowa (Kat. Botaniki i Ochrony Przyrody, pl. Łódzki 1, pok. 119)

  • Mikroskop optyczny z kontrastem Nomarski’ego
  • Mikroskop stereoskopowy na statywie stołowym wysięgnikowym
  • Badawczy mikroskop stereoskopowy
  • Mikroskop z kontrastem fazowym
  • Mikroskop prosty badawczy

 

Katedra Fizjologii Zwierząt

  •  Mikroskop fluorescencyjny BX51 (Olympus) z kamerą cyfrową i oprogramowaniem
  • Mikroskop fluorescencyjny AX10 (Zeiss) z kamerą cyfrową i oprogramowaniem
  • Zestaw do Real-Time PCR ABI 7300 (Applied Biosystems) z oprogramowaniem
  • Licznik promieniowania beta LS5000TD (Beckman)
  • Licznik promieniowania gamma 1470 Wizard (Wallac)
  • Ultrawirówka L7-65 (Beckman)